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(Sul tuo caso in sé:)
A me risulta che le spese di commissione per il bonifico siano a carico di chi lo esegue.
Infatti la costosità del mezzo usato per pagare è una scelta SUA. (Facendo un esempio per assurdo, potrebbe recapitare il pagamento con una parata in pompa magna dal costo di 2000 euro...e non sarebbe corretto che queste spese fossero a carico del contraente.)
Per lo stesso motivo, il depositario potrebbe anche consegnarti l'affitto venendo di persona a casa tua, non spendendo nulla in commissioni per l'intermediazione bancaria...Quindi di che spese vuole rivalersi? Scelga il metodo più economico per lui, piuttosto.
Inoltre (e di questo sono SICURO) chi sta in affitto non ha alcun diritto di "accomodare" il prezzo dell'affitto precedentemente stabilito (immagino su regolare contratto) per rivalersi di qualche debito sul padrone di casa,. E questo vale anche se questo debito fosse giustificato: i ritocchi agli accordi devono essere concordati da ENTRAMBE le parti, senza prendere iniziative unilaterali.
Quindi, anche se il tuo cliente avesse ragione di esigere il rimborso quei 40 euro, NON può assolutamente prendere l'iniziativa di scalarseli da solo dal prezzo dell'affitto senza prima consultarsi con te.
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Ovviamente il mezzo di pagamento a titolo oneroso, salvo diversamente pattuito, preferibilmente non a voce anche se il contratto non scritto è valido, resta a carico dell'ordinante.