Ci sono varie possibilità e varie interpretazioni:

Prima ipotesi:
I 2 palazzi hanno tabelle millesimali separate pur componendo un supercondominio.
In questo caso se i lavori non comportano interventi nelle parti comuni del supercondominio ma solo interventi separati, la soluzione é ovvia: tabelle separate, quindi spese separate.

Seconda ipotesi:
I 2 palazzi sono un solo condominio e la somma dei millesimi dei 2 palazzi dà appunto 1000:
In questo caso ci sono 2 modi diversi di vedere la cosa;

prima possibilità (la più ortodossa):
Si sommano le 2 spese e si prende il totale suddividendolo per i millesimi.
Questa soluzione può essere accettabile se i 2 interventi sono omogenei, mentre può sollevare proteste in caso di interventi sbilanciati.

seconda possibilità (più ragionevole ma anche contestabile dai "puristi" dei millesimi):

Si prendono i 2 totali, dove ad esempio, sommando i millesimi del palazzo più piccolo si avrà ad esempio 400 mill. mentre l'altro sarà ad esempio 600.
Dopo di che si suddividono le 2 spese per i 2 palazzi in maniera separata.
Questa é la soluzione più democratica e logica anche se spesso viene messa in discussione specie quando il costruttore del palazzo si é limitato a fare una sola tabella e non ha pensato di tenere divisi i 2 immobili.

In caso di presenza di una sola tabella, in teoria non sarebbe possibile fare distinzioni e tenere separate le spese.
In pratica viene comunque sempre in aiuto il C.C. che alla fine sentenzia che comunque "possedere" un bene significa anche poterne "godere".
E se si possiede si ha l'obbligo di mantenerlo.

Se io abito in un palazzo staccato da un altro che assieme fanno un solo condominio, come faccio a godere dell'uso del secondo palazzo ?
Quindi se non lo posso "godere" non sono tenuto a pagare per il suo mantenimento.

Ma se il costruttore ha fatto una sola tabella ( ne occorrerebbero 2 separate) questo non é una limitazione.

Come ho detto, se un palazzo ha 400 mill. e l'altro ne ha 600, vorrà dire che la tabbella coi 1000 millesimi la userò solo per la manutenzione del cortile, degli stradelli e di tutte le parti "comuni" ai 2 palazzi.

Invece per la manutenzione distinta dei palazzi, creerò 2 tabelle separate che invece di sommare a 1000 sommeranno a 400 e a 600. Avremo così una tabella quattrocentesimale e una seicentesimale.

saluti